Köyceğiz’in tarihi M.Ö. 3400 yıllarına kadar uzanır. Bu yörede varlık gösteren ilk uygarlık Karyalılardır. Sonra sırasıyla İskitler, Asurlular, İyonyalılar, Dorlar, Akalar, Persler, Hellenler, Seleykoslar, Romalılar, Selçuklular, Menteşeoğulları ve Osmanlılar yöreye hakim olmuştur.

Köyceğiz’in tarihi ile ilgili ilk bilgileri tarihçi Herodot, Coğrafyacı Strabon ve İngiliz Arkeolog Hoskin vermektedir.

M.Ö. 2000 yıllarında Yunanlılar ve Akaların deniz yolu ile Ege kıyılarına çıkmaları ile sahilde yeni koloniler kurulmuş, iç kısımlarda ise Karyalıların kolonileri ile gelişim sağlanmıştır. Böylece ilçe M.Ö. 1000 yıllarında oldukça iyi bir konuma gelmiştir. Köyceğiz Gölü’nün Akdeniz’le birleştiği yerde Kaunos şehri Karya’nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden biri olmuştur. Akrapol, ünlü mabetler ile Harab ve Susan Kaleleri önemli tarihi eserlerdir.

Osmanlılar Döneminde ilçe Hurşit Paşa’nın Muğla Mutasarrıflığına getirildiği dönemde bugün bulunduğu yer olan Yüksekkum’a taşınmıştır (1884). İstiklal Savaşı’nda düşman saldırısına uğramış, 1919 yılı sonunda Tahirağa, Mehmet Zeki Osman Ağa ve Tevfik Bey’lerin öncülüğünde Kuva-i Milliye Teşkilatı kurularak yurt savunmasına dahil edilmiştir.Buranın Kuvai Milliye komutanı Dr Hikmet Kıvılcımlıdır. Köyceğiz adının nereden geldiğine gelince: Efsanelere göre Köyceğiz, gölün alanı üzerinde bulunan bir ovada kurulmuş. Bilinmeyen bir zamanda ovayı sular basmış. Felaketin seyrine gelenler gölün doğu kısmında kalan birkaç evi ve insanı görünce: “Bütün şehir batmış, sadece kıyıda bir Köyceğiz kalmış.” demişler. Bugün hâlâ gölün altında bir batık şehir olduğuna inanılır. Köyceğiz İlçesi, Akdeniz ve Ege Bölgeleri’nin birleştiği yerde, Muğla – Fethiye Karayolu’nun 60. km.’sinde, zengin doğal güzellikler ve narenciye bahçeleri içinde, sakin bir turistik beldedir. İlçe, adını aldığı Köyceğiz Gölü’nün kuzeyinde kurulu olup, 1.758 km² yüzölçümündedir.

Köyceğiz Gölü ve gölün sahille birleştiği bölgede kurulan Karia’nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden Kaunos şehri ilçenin turizmdeki önemini arttırmaktadır. Ayrıca ilçenin Sultaniye Köyü’nde mevcut olan Sıcak-Soğuk Termal Kaplıcaları, sağlık turizmi bakımından önemli bir merkez teşkil etmektedir. Diğer taraftan Yayla Köyü ve kuzeyindeki Gökçeova, safari turizmi ile ilgi görmektedir. Çandır Köyü Horozlar mevkiinde çamur banyoları ve tesisleri bulunmaktadır.

Köyceğiz Gölü

Köyceğiz Gölü, Menteşe yöresinde, Muğla ilinin güneydoğusunda yer alan Köyceğiz gölü tektonik bir çukurluğun sularla dolması ve Dalaman çayının getirdiği alüvyonların körfezin önünü tıkaması sonucu oluşmuştur. Köyceğiz gölünü besleyen kaynaklar oldukça çoktur. Namnam çayı, Kargıcak çayı, Yuvarlak çay bu gölün başlıca geleğenleridir ve göl ayrıca kaynak sularıyla da beslenmektedir.
Köyceğiz Gölü’nü besleyen en önemli akarsulardan biri olan Yuvarlakçay gerek ekonomik ve gerekse ekolojik açıdan oldukça önemli bir konumdadır. 1.5 metre kadar derinliği olan ve büklümlerle (menderes) uzanan bu doğal kanal, gölü Akdeniz’e bağlar. Köyceğiz gölüne su getiren dereler , çaylar büyüklü küçüklü deltalar oluşturmuşlardır. Bu alanlar sığ olduğundan bataklıktır; saz, kamış yetişir.

Köyceğiz Gölü Akdeniz Bölgesi’nin batı ucunda, ilçe hudutları içerisinde, suyu hafif tuzlu ve çevresindeki kaplıcalardan karışan kükürtlü bir göldür. Gölün, önü alüvyonlarla tıkanmış eski bir körfezden türediği sanılmaktadır. Hemen her zaman sakin olan gölde, yılın 8 ayında su kayağı yapılması mümkündür.Göl kıyıları sağlık turizmi açısından büyük önem taşır. Şifalı ılıcalarda, birçok hastalığın iyileşmesinde yararlanılan birçok kaplıca bulunur. Göl türü, tektonik/tatlı sudur. Köyceğiz gölünün yüz ölçümü 52 km²’dir. Deniz yüzeyinden yüksekliği 8 metre kadardır. Derinlik de en çok 5 metreyi ancak bulur. Namnam çayı, Kargıcak çayı, Yuvarlak çay bu gölün başlıca geleğenleridir ve göl ayrıca kaynak sularıyla da beslenmektedir. Denizle bağlantısı olan Köyceğiz gölünün suları tuzlu ve acıdır ancak suları tatlı olan çayların göl sularıyla karışması sonucunda tuzluluk fazla değildir. Plankton bakımından zengin olan gölde çok çeşitli balıklar yaşar. Kefal, levrek, çipura, pisi gibi. Balık avcılığı büyük bir ekonomik değer taşır. Zaten “dalyan”, adı da buradan gelir. Çünkü kurulan bu düzenek yardımıyla çok miktarda balık avlanır. Göl balıklarının havyarı da ünlüdür. Her türlü tatlı su balığı bulunur. Ayrıca güneyinde nesli tükenmekte olan Nil Kaplumbağası bulunur. Göl içerisinde dört adet irili ufaklı ada mevcuttur. Etrafı dağlarla çevrili olup en yükseği Ölemez Dağı’dır. Sazlıklarla kaplı doğal bir kanalla göl Akdeniz’e bağlanır. Bu tür göllere yani denizle doğal bir kanal vasıtası ile birleşen göllere ayaklı göl adı verilir. Dünyada bu tür göllerin sayısı Köyceğiz Gölü’yle beraber sadece yedi tanedir. Yani dünyadaki doğa harikası yedi ayaklı gölden birisi de Köyceğiz Gölü’dür.